Cơ cấu tổ chức của Trường Khoa học giáo dục được xây dựng theo mô hình tự chủ, tinh gọn, liên kết liên ngành, bảo đảm phát huy hiệu quả nguồn lực, thúc đẩy đổi mới sáng tạo và hội nhập quốc tế.